Theo WWF, Yanbaru là nơi cư ngụ cho hơn bốn ngàn loài, trong đó có 11 loài thú có vú và 12 loài thực vật đặc hữu. Nhiều loài trong số này đang chịu đe doạ theo sách đỏ IUCN và 177 nằm trong sách đỏ của bộ Môi trường Nhật Bản.[9] Một số loài hiếm gặp bao gồm gà nước Yanbaru (Yanbaru kuina trong tiếng Nhật), gõ kiến Okinawa, oanh Lưu Cầu, dẽ núi Amami, rùa núi Lưu Cầu, Cá cóc sần Anderson, ếch Ishikawa, ếch Holst, ếch Namiye, chuột lông dài Lưu Cầu, chuột gai Okinawa.[11] Trừ oanh Lưu Cầu, tất cả các loài này được xếp là loài nguy cấp trở lên; chuột gai Okinawa và gõ kiến Okinawa là loài cực kỳ nguy cấp.[12][13]

Gõ kiến Okinawa chịu đe doạ từ cả những chiếc Osprey[14] từ các căn cư hải quân Hoa Kỳ lẫn việc xây dựng bệ đáp[15][16] trong rừng.